Se tutto in regola, su un'auto italiana o estera NUOVA (mi sembra sia una roba tipo meno di 6 mesi e non più di tot km, quindi una km0, così come un'auto usato pochissimo, per il fisco è NUOVA anche se già targata) si paga il 22% dell'imponibile, così come per qualsiasi auto realmente nuova o comunque un'auto venduta da un soggetto IVA (azienda), che quindi ha l'obbligo di fatturare, che a sua volta ha comprato da un altro operatore professionale italiano od estero (può essere il produttore, l'importatore, un altro salone, ecc.)
Se invece il concessionario compra un'auto usata da un soggetto privato (es. persona fisica senza partita iva, che quindi non fattura), che sia estero o italiano, fa pagare e versa l'iva solo sulla differenza tra quello che ha pagato al precedente proprietario e il prezzo di vendita, cioè sul suo margine (da cui il nome di "regime del margine"). E' evidente che dichiarare di comprare l'auto da un soggetto privato estero, se non è così, oppure comprarla direttamente come persona fisica e non come venditore professionale girandola all'acquirente, ai fini fiscali comporta un vantaggio, che può essere girato in tutto o in parte al cliente finale come "sconto" (in realtà lo sconto lo sta pagando lo stato)
Qui maggiori dettagli, sicuramente spiegati meglio di quanto possa fare io, che non sono un fiscalista (anche se mi tengo la contabilità da solo) https://fiscomania.com/regime-del-margine-beni-usati/
Quindi dal punto di vista pratico, riassumendo, se la fattura dell'auto nuova/km0 (italiana o estera) è del tipo:
Imponibile: X
IVA: 22% di X
Fuori campo IVA: Y (per la voltura o altre spese similari)
Totale fattura: X + 22% di X + Y
è OK!!! (è come la fattura che ti farebbe un qualsiasi concessionario per un'auto nuova o km0 di origine italiana)
Se è un cosa diversa, e in particolare non viene esposta l'iva in fattura (ma è semplicemente annotato sul documento che è stato applicato il regime del margine), mentre l'auto è chiaramente nuova (ad esempio ha pochi km sul contakm come una qualsiasi km0), qualcuno ha fatto il tarocco.
Attenzione, non è la fattura ad essere sbagliata di per se, magari è anche corretta e sono state pagate tutte le imposte ad essa associate, il problema è a monte, cioè l'interposizione fittizia di una persona fisica senza partita iva nei vari passaggi di proprietà con l'unico scopo di eludere l'iva. Il trucco è più difficile da beccare, ma se succede i soldi li recuperano da chi riescono, acquirente compreso.