Il discorso dei cluster è corretto (link), l'NTFS ce l'ha più piccolo (il cluster! non fraintendete!) e questo va a discapito dello spazio disponibile, ma solo con tanti file piccoli e solo per spazi inferiori ai 2GB, da 2 in su il cluster tra FAT32 e NTFS è lo stesso.
Il FAT è + versatile per l'utilizzo in vari sistemi; è un filesystem molto più "leggibile".
Se il B&M lo legge nessun problema nell'utilizzo, puoi scegliere liberamente